去污剂不溶性蛋白有残留：离心后立即去除上清。沉淀中留有不溶性蛋白质，如果再次有悬浮发生，再次离心。

细胞裂解液中含有太多的细胞或太多蛋白质，导致洗脱液中有很多额外的（假阳性）蛋白质 :减少细胞数量/裂解液使用。我们推荐使用10-500μg细胞裂解液

蛋白与抗体非特异性结合:如果有很多非特异结合的蛋白质，可以尝试减少上样珠子的样本数量。您还可以在开始免疫沉淀实验之前预先孵育珠子和准备好的裂解液来预清除裂解液.这应该清除裂解液内任何与珠子非特异结合的蛋白质。一些研究人员也使用同种来源和相同免疫球蛋白亚类的无关抗体来预清除裂解液

使用太多抗体导致非特异性结合：检查推荐抗体用量，使用合适浓度的抗体

使用的抗体特异性不够：使用亲和纯化的抗体，最好预先吸收

非特异性蛋白质与珠子结合：珠子用BSA预封闭不充分。确保牛血清白蛋白（组分V）新鲜，新鲜珠子与含1％牛血清白蛋白的PBS孵育1小时，使用前PBS洗3-4次。

洗涤不充分：盖上管盖离心前反复颠倒几次

所用样品中不表达或低水平表达目标蛋白质：检查目标蛋白质的表达谱，以确保它会在您样品的细胞表达。如果有目标蛋白低水平表达，增加裂解液的使用量。但是，这可能导致增加非特异性结合，所以开始免疫沉淀程序之前最好预先清除裂解液。

没有足够的抗体捕获目标蛋白:检查抗体的建议使用量。抗体浓度可能需要增加。

目标蛋白没有从珠子上洗脱:确保您使用的洗脱缓冲液是正确的，并且是洗脱蛋白质所需的正确强度和pH值

抗体没有结合免疫吸附磁珠:确保您使用的珠子与抗体亚型匹配。

使用的裂解液不正确:检查说明书，看看抗体是否能检测变性蛋白质或天然蛋白质，并确保使用正确的裂解液。